Nếu 10 năm đầu xây dựng, Bệnh viện đã trải qua nhiều thách thức khắc nghiệt thì 10 năm tiếp theo lại thêm nhiều yếu tố khó khăn mới, đó là ảnh hưởng của sự sụp đổ Liên Xô và các nước XHCN ở Đông Âu; sự chuyển đổi cơ chế của nước ta từ nền kinh tế hành chính bao cấp sang nền kinh tế vận hành theo cơ chế thị trường.
Nếu 10 năm đầu xây dựng, Bệnh viện đã trải qua nhiều thách thức khắc nghiệt thì 10 năm tiếp theo lại thêm nhiều yếu tố khó khăn mới, đó là ảnh hưởng của sự sụp đổ Liên Xô và các nước XHCN ở Đông Âu; sự chuyển đổi cơ chế của nước ta từ nền kinh tế hành chính bao cấp sang nền kinh tế vận hành theo cơ chế thị trường.
Thời kỳ 1989 - 1993 quả là một giai đoạn đầy sóng gió, cuộc khủng hoảng chính trị trên phạm vi toàn cầu, sự o ép phong toả của các thế lực phản cách mạng đã làm ảnh hưởng không nhỏ đến tâm tư, tình cảm của mỗi người dân, đến cả các Đảng viên cộng sản. Tình hình kinh tế xã hội xuống cấp nghiêm trọng, đạo đức lối sống cũng xuất hiện nhiều tiêu cực. Những vấn đề chung của xã hội đã tác động tiêu cực vào Bệnh viện, nhiều vấn đề không lường hết được: kinh phí khó khăn, Bệnh viện từng bước thực hiện chế độ thu một phần viện phí, sự lẫn lộn trắng đen, sự tiêu cực trong mối quan hệ giữa nhân viên y tế với bệnh nhân. Cũng chính thời kỳ này xuất hiện việc bệnh nhân và gia đình bệnh nhân do phải đóng một phần viện phí nên dễ phản ứng, kiện cáo, bắt đền khi kết quả điều trị có điều bất ưng, hoặc gặp những tình huống rủi ro trong điều trị, phẫu thuật.
Thời kỳ 1994 - 1998 khi nền kinh tế vận hành theo cơ chế thị trường đã khởi sắc, đã đạt được những thành tựu kinh tế nhất định, đời sống nhân dân đỡ khó khăn, trật tự xã hội ổn định hơn; thì những mặt trái của cơ chế thị trường đã bộc lộ. Trong Bệnh viện, mối quan hệ bệnh nhân - nhân viên y tế đã xuất hiện yếu tố như sự mua bán sòng phẳng. Chính yếu tố này cũng làm suy giảm y đức của cán bộ, nhân viên y tế. Cũng trong thời kỳ này, mối quan hệ đối ngoại được mở rộng, những thành tựu về y tế của các Bệnh viện bạn, của các nước tiên tiến đã tác động đến chúng ta, thúc giục chúng ta phải làm gì để khỏi tụt hậu về kỹ thuật.
Ban lãnh đạo Bệnh viện thời kỳ này cũng thay đổi: Giáo sư Lê Điềm chuyển công tác về Hà Nội, bác sĩ Nguyễn Đức Lâm tháng 4/1989 được bổ nhiệm làm Giám đốc Bệnh viện. Đồng chí Nguyễn Công Vinh làm Phó giám đốc Bệnh viện từ năm 1984 thay đồng chí Nguyễn Văn Thư. Năm 1989, Bác sĩ Nguyễn Tân Quang được bổ nhiệm Phó giám đốc chuyên môn.
Bác sĩ Nguyễn Đức Lâm quê tỉnh Quảng Ninh, tốt nghiệp Đại học Y năm 1961. Ra trường được phân công đến công tác tại Bệnh viện khu tự trị Tây Bắc. Ngày 29/12/1975 được điều về khoa Sản - Bệnh viện Việt Tiệp Hải Phòng. Năm 1979, ông được đề bạt Phó giám đốc Bệnh viện. Tháng 4/1989, ông được bổ nhiệm là Giám đốc Bệnh viện. Bằng trình độ, năng lực, cùng với kinh nghiệm có được trong những năm là cộng sự gần gũi với Giáo sư Lê Điềm, ông đã cùng với tập thể Đảng uỷ, Ban giám đốc lãnh đạo Bệnh viện trong những năm khó khăn nhất của thời kỳ đầu đổi mới. Đến năm 1996, tại Đại hội Đảng bộ Bệnh viện lần thứ VII, ông được Đảng bộ tín nhiệm bầu làm Bí thư Đảng uỷ Bệnh viện. Tại Đại hội này, ông đã đưa ra một định hướng quan trọng, đó là xây dựng Bệnh viện chính qui hoá, hiện đại hoá trên nền tảng y đức. Dưới sự lãnh đạo của ông, Bệnh viện đã cơ bản xây dựng được nền móng thực hiện kế hoạch xây dựng nâng cấp Bệnh viện chính qui hiện đại, tạo đà phát triển cho những năm tiếp sau.
Phương châm nhất quán của lãnh đạo Bệnh viện được thống nhất trong tập thể lãnh đạo, cũng như quán triệt sâu rộng trong tập thể cán bộ, nhân viên Bệnh viện là: Chặn đứng, đẩy lùi sự xuống cấp, từng bước xây dựng nâng cấp, nâng cao chất lượng khám chữa bệnh. Mục tiêu được xác định: Bệnh viện là cơ sở phúc lợi xã hội chứ không phải là cơ sở kinh doanh. Biện pháp thực hiện là nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, tăng cường thu hút bệnh nhân tới khám chữa bệnh, đồng thời nâng cao đời sống cán bộ nhân viên, tạo sự gắn bó của nhân viên với Bệnh viện để từ đó tác động trở lại làm tốt công tác khám chữa bệnh.
Để nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, có 3 vấn đề được giải quyết: Nâng cao trình độ cán bộ, chấp hành tốt qui trình công tác chuyên môn, đầu tư trang thiết bị y tế và tăng nguồn kinh phí đáp ứng nhu cầu các hoạt động khám chữa bệnh. Biện pháp giải quyết nguồn tài chính lúc đó ngoài nguồn kinh phí ngân sách cấp, chúng ta đã nắm bát nhạy bén, thực hiện chính sách thu một phần viện phí. Nguồn kinh phí thu từ viện phí đã tăng nhanh, năm 1989 là 113 triệu đồng, đến năm 1993 đã lên 1.100 triệu đồng. Bệnh viện Phụ sản cũng là đơn vị đầu tiên được Uỷ ban nhân dân thành phố chỉ đạo cùng Sở Tài chính vật giá, Sở Y tế xây dựng chi tiết biểu giá viện phí các dịch vụ khám chữa bệnh. Bệnh viện là đơn vị đầu tiên xây dựng loại hình phục vụ theo yêu cầu, chính điều này giúp cho Bệnh viện tăng đáng kể viện phí. Tiền viện phí đã góp phần quan trọng để giải quyết cho kinh phí hoạt động giường bệnh, góp phần nâng cao đời sống cán bộ, nhân viên Bệnh viện và từng bước góp phần nâng cấp Bệnh viện.
Yếu tố quan trọng để nâng cấp Bệnh viện trong thời kỳ này là Bệnh viện được thành phố quan tâm đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng và trang thiết bị. Dự án cải tạo xây dựng lại Bệnh viện được chính thức phê duyệt tháng 6 năm 1993. Chương trình cải tạo xây dựng Bệnh viện được chia làm 2 giai đoạn: Giai đoạn 1 là cơ sở cho khu vực các khoa cận lâm sàng; giai đoạn 2 là cơ sở cho khu vực lâm sàng. Việc cải tạo xây dựng bệnh viện được thực hiện đồng thời với việc Bệnh viện vẫn đang duy trì đảm bảo công tác khám chữa bệnh, trong khi bệnh nhân vẫn tăng lên. Chính điều này cũng tạo ra khó khăn không nhỏ do diện tích mặt bằng Bệnh viện hạn chế, môi trường xây dựng làm ô nhiễm môi trường điều trị của Bệnh viện. Về trang thiết bị, Bệnh viện được đầu tư dự án ODA của Cộng hoà Pháp, nhà mới xây xong chúng ta có ngay thiết bị mới được lắp đặt và vận hành. Bộ mặt Bệnh viện cho đến năm 1998 đã đổi thay rất nhiều.
Công tác tổ chức và cán bộ đã được kiện toàn và có nhiều thay đổi và chất lượng cán bộ. Trong thời gian 1989 - 1998, Bệnh viện được tăng thêm 100 giường bệnh, do vậy biên chế Bệnh viện đến năm 1998 được giao chính thức 415 biên chế. Bệnh viện đã sắp xếp mô hình tổ chức bệnh viện hoàn chỉnh theo quy chế bệnh viện cho Bệnh viện chuyên khoa hạng II: có 6 phòng chức năng, 8 khoa cận lâm sàng và 11 khoa lâm sàng. Công tác đào tạo cán bộ để nâng cao trình độ được quan tâm thích đáng, với 3 hình thức đào tạo: tại chỗ, học tập trung, học bổ túc nghiệp vụ chuyên sâu. Thường xuyên Bệnh viện có từ 10 - 15% số biên chế được đi học. Ngoài học chuyên môn còn học chính trị, quản lý nhà nước, tin học, ngoại ngữ. Công tác đào tạo thường xuyên, đào tạo lại cũng được duy trì đều đặn, nhiều đối tượng từ bác sĩ, y tá, nữ hộ sinh, kỹ thuật viên xét nghiệm, dược tá được tổ chức thành các đợt học tập, nội dung học bao gồm về y đức, quy trình qui tắc chế độ công tác chuyên môn và chuyên môn kỹ thuật. Việc nâng cao trình độ cán bộ đã giúp cho Bệnh viện nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, sử dụng hiệu quả trang thiết bị y tế mới và bước đầu thực hiện các kỹ thuật khám chữa bệnh hiện đại. Cũng từ việc học tập thường xuyên chế độ công tác chuyên môn, tổ chức sinh hoạt chuyên môn, bình bệnh án mà việc chấp hành qui chế chế độ công tác chuyên môn Bệnh viện ngày càng tốt hơn, chất lượng hồ sơ bệnh án được nâng cao rõ rệt.
Hoạt động đối ngoại trong thời kỳ này được tăng cường đem lại nhiều tác động tích cực cho sự phát triển của Bệnh viện. Đối với các đơn vị trong ngành, không chỉ lãnh đạo Bệnh viện mà nhiều đối tượng cán bộ các phòng chức năng, khoa lâm sàng đều tổ chức thăm quan học tập. Chính điều này đã góp phần nâng cao nhận thức, nắm bắt được xu hướng phát triển, tạo động lực phấn đấu của mỗi cá nhân. Bệnh viện cũng tạo được sự ủng hộ giúp đỡ của các Bệnh viện cùng chuyên ngành, các cơ quan Trung ương, các ban ngành hữu quan của thành phố; chúng ta tạo ra được nguồn lực ủng hộ cả vật chất và tinh thần từ bên ngoài. Hoạt động đối ngoại quốc tế cũng thực hiện được trong khuôn khổ hợp tác quốc tế quỹ ODA của Cộng hoà Pháp, tổ chức Appel, tổ chức Sida Thuỵ Điển. Sự hợp tác quốc tế đã giải quyết nhiều trang thiết bị phục vụ công tác khám chữa bệnh.
Kết quả hoạt động chuyên môn của giai đoạn 1989 - 1998 so với giai đoạn 1978 - 1988 có được thành tựu đáng tự hào. Hoạt động giường bệnh tăng từ 250 giường lên 350 giường. Số khám bệnh tăng 200%, bệnh nhân nội trú tăng 4 lần, sản phụ đẻ tăng 130%, tổng số xét nghiệm tăng gấp 3 lần, siêu âm Xquang tăng 4 lần, phẫu thuật loại I, II tăng gấp 3 lần. Về một số chỉ số chất lượng như tử vong mẹ từ 31%o giảm còn 11%o, các tai biến sản khoa cũng giảm rõ rệt, tai biến uốn ván sơ sinh không còn xẩy ra ở Bệnh viện. Những số liệu cơ bản trên đây đã nói lên sự phát triển và trưởng thành của Bệnh viện.
Ghi nhận thành tích công tác của Bệnh viện ở giai đoạn này, chúng ta chưa có những tấm Huân chương cho tập thể cũng như cá nhân cán bộ nhân viên Bệnh viện. Nhưng cái tên Bệnh viện Phụ sản Hải Phòng đã trở nên thân thuộc trong lòng người dân thành phố, đã trở thành địa chỉ tin cậy cho chị em phụ nữ khi sinh đẻ hoặc lúc ốm đau. Người bệnh vào Bệnh viện, khi ra viện đều có những so sánh với bệnh viện khác họ đã tới điều trị hoặc đã biết; thật đáng mừng sự so sánh ấy là họ nhận thấy ở Bệnh viện Phụ sản Hải Phòng một sự tin tưởng, thân thương, gần gũi.